O Colégio Estadual Rui Rodrigues foi criado por volta da década de 1940 para atender a demanda educacional gerada pela implantação da Colônia Santa Marta. Naquela época, os doentes acometidos pela hanseníase eram tratados isoladamente do convívio social. Esse fator foi responsável pela criação da escola em uma área rural-urbana, na franja da metrópole.